En el canal el primer hundimiento del día 29 lo logro el submarino Clyde, que, tras situar 40minas en el canal volvía a puerto cuando fue sorprendido por la flota de invasión, y a pesar de portar únicamente 2 torpedos para su autodefensa torpedeo al minador Brummer huyendo a continuación hacía el norte. El buque de 1.800tn se hundiría en pocos minutos mientras su tripulación era salvada por un aviso cercano.
El Clyde, que había logrado hundir al Brummer no lograría salir a la superficie hasta las 04:50 AM, dando el aviso de alarma 30 minutos después, cuando logro reparar la antena que había quedado dañada por las cargas de profundidad de los destructores enemigos. De inmediato el almirantazgo dio la alarma, y ordeno a la HF que se preparase, mientras la EC era obligada a regresar al canal.
Por su parte los submarinos H 33 y H44 no tuvieron tanta suerte, sorprendidos por los destructores de la flota cuando esta entraba en el canal, fueron atacados con saña por los destructores que los hundieron sin dejar rastro de ellos. Mas suerte tuvo el mayor L26 que, situado en el centro del canal logro torpedear un carguero que transportaba toneladas de suministros hacía las playas. Sin embargo el posterior ataque de 3 arrastreros le obligo a emerger, y aunque la tripulación corrió al cañón de proa, se vieron obligados a rendirse cuando el Scharnhorst dedico a ellos la atención de su artillería secundaría.
La poderosa AA del Nymphe y de su gemelo el Thetis sería un suplicio para la RAF en la zona occidental del canal
A las 17:40 tuvo lugar el segundo gran ataque sobre la flota, en esta ocasión participaron no solo 40 Stirling, 30 Beaufort, 40 Beaufighter, 28 Whirlwind y 80 Wellington, sino también 100 fulmar y 180 swordfish, acompañados todos ellos por 60 Spitfire y 80 Hurricane. Esto suponía el ataque conjunto por parte de l20 bombarderos, 28 cazabombarderos y 250 torpederos, acompañados todos ellos por 240 cazas. La aparición de una fuerza de ataque casi llego a paralizar a los pilotos germanos que atacaban tierra adentro, pero avisaron de inmediato a sus compañeros y centros de mando. Desde tierra comprendieron que se lo estaban jugando todo a una carta, y ordenaron a los 100 cazas que protegían a la flota que atacasen con decisión a la fuerza enemiga mientras tras ellos, despegaban decenas de cazas para apoyarles. Incluso una fuerza de 45 Ju-88 de apoyo táctico que se dirigía a bombardear una posición de artillería cercana a Dover, recibió orden de volar en solitario mientras los 90 cazas que la protegían continuaban velozmente hacía la formación enemiga. El combate aéreo que se libro a escasos kilómetros tierra adentro fue sin duda uno de los mayores de la guerra, en él los cazas germanos intentaron acabar con los bombarderos mientras los cazas británicos trataban de derribarlos a ellos, y pronto los cielos estuvieron cubiertos de columnas de humo y blancos paracaídas de los aviones derribados. Mucho más abajo los torpederos eran recibidos por un intenso fuego de armas automáticas e incluso de fusilería por parte de la infantería germana, siendo derribados de esta manera 6 de los Swordfish. Tras ellos todos los buques tenían órdenes de enfrentarse a los torpederos, y sobre ellos se abatió una tormenta de fuego en cuanto estuvieron a tiro.
Pronto los aviones empezaron a caer derribados uno tras otro, pero su número era demasiado grande y los torpedos también surcaron las aguas, los dos primeros en caer fueron los destructores Maestrale y Ascari, torpedeados junto a las costas y que tuvieron que embarrancar para no hundirse. Poco después eran torpedeadas 27 barcazas y 9 gasolineras que daban soporte a las tropas, las explosiones de estas últimas esparcieron las llamas sobre el agua en cientos de metros a la redonda afectando a los náufragos. A continuación le llego su turno a los destructores Artiglieri, Baleno, y el pequeño Quintillo Sella que sufriría la misma suerte, hundiéndose poco después. Esto abrió un camino a través de las flotillas de destructores que permitió el torpedeamiento del crucero alemán Koln, que con dos impactos que lo dejaron al pairo, sería hundido por los destructores italianos esa misma noche al no lograr remolcarlo a puerto, y de los ligeros Armando Diaz y Bari que naufragaría durante la noche, pudiendo llegar el primero a puerto. Sin embargo el mayor triunfo de los Swordfish sería el acorazado Conte di Cavour , pues aunque logro esquivar 3 torpedos no lo logro con los 2 últimos que lo alcanzaron de lleno, quedando tan dañado que se vio obligado a tomar remolque hasta la costa francesa. Por su parte los bombarderos azotaron de metralla diversos cruceros y destructores, pero no lograron nada mas con los buques de guerra, sin embargo 87 barcazas de desembarco y buques de apoyo resultaron destruidos.
En Lyme Bay las cosas fueron peor, pues las cuatro divisiones que habían desembarcado ya tenían instaladas varias baterías de artillería antiaérea pesada y ligeras, en un frente de 30km de largo por 5 de profundidad. Así únicamente empezaron a sufrir bajas incluso antes de llegar a la costa, donde les esperaban además los cruceros antiaéreos erizados de cañones, y las baterías flotantes con su propia artillería, por lo que únicamente lograron hundir al destructor Dardo con un torpedo, dañar al Strale con los cañones de un Whirlwind, y un impacto sobre el acorazado Bismarck, que sin embargo continuaría navegando. Pero a cambio perderían 32 cazas Hurricane, 17 fulmar, 21 Whirlwind, 8 Beaufort,y los 20 Swordfish que eran todos los participantes, estos sobre todo por la acción de los cazas enemigos, que también perderían 39 unidades. Para la RAF fue evidente que ataques sobre esta playa tendrían que ser llevados a cabo por la Home Fleet y contraataques terrestres, pues su antiaérea era ya demasiado poderosa.
, en ella veremos a la FC combatiendo contra la HF que atacara desde el este y a la escuadra del canal que lo hara desde el oeste. 
La primera era el gran numero de lanchas torpederas italianas MAS, MS y VAS, con casi un centenar de unidades dispuestas en la cerca de la península de Cherburgo, y entre Dunkerque y Calais, todas ellas con velocidades en torno a los 30nts. A estas había que sumar los S y R-boot germanos de características similares. También eran importantes los 30 torpederos germanos de los modelos; 1923, 1924, 1935, 1937, y 1939que esperaban tras las lanchas torpederas.
