El origen de esta guerra está en las diferencias de límites con el Brasil y la importancia económica de la goma en la región. El antecedente más crítico fue el tratado de 1867 firmado por Melgarejo, que marcó los límites binacionales entre la confluencia del Mamoré y el Beni (cediendo soberanía sobre el río Madera que es su principal acceso al Atlántico en el norte) y una línea hasta las desconocidas nacientes del río Yavarí. El mencionado tratado fue una cesión del territorio que tenian cuando nacieron a la independencia. En 1896 el propio Pando firmó un acuerdo con Brasil en el límite de los ríos Purus y Acre. Pero el detonante fue, otra vez, una cuestión económica. La fundación de Puerto Alonso en 1899 (Puerto Alonso se conoció luego como Puerto Acre, capital del territorio de colonias a orillas del río Acre, hoy en territorio brasileño) se hizo para instalar un puesto aduanero de recaudación de impuesto sobre exportaciones de goma. Esto molestó a los aventureros que explotaban goma y la contrabandeaban sin rubor a los estados vecinos de Para y Amazonas. Brasil veía así reducidos sus ingresos por “tránsito” de la goma boliviana por sus puertos.
En 1899, los bolivianos, con nuevas concesiones territoriales a Brasil, intentaron asegurar el control de la zona fundando como capital administrativa a Puerto Alonso ( actualmente Porto Acre ), pero los brasileños se levantaron en una primera revuelta llamada "Revolución Acreana":
En julio de 1899, con la ayuda del gobernador del estado de Amazonas, la población brasileña proclamó la "República de Acre". Bolivia entonces arrendó la región por el Tratado de Aramayo a la Corporación boliviana de Nueva York en 1901. Sin embargo, hacia agosto de 1902, comenzó una insurrección de alrededor de dos mil irregulares brasileños. El aventurero Luiz Galvez Rodrigues de Aria (un español) se autoproclamó "presidente de la república del Acre". Tal intentona duró hasta marzo de 1900 en las zonas apartadas del territorio. En 1902 una expedición procedente del Amazonas al mando del soldado brasileño José Plácido de Castro y otros "seringueiros" (campesinos recolectores de caucho) apoyados por Brasil se apropiaron del área de Xapuri y declararon el 27 de enero del citado año un "Estado Independiente del Acre" para casi inmediatamente pedir su anexión al Brasil.
Bolivia intentó enviar tropas pero las dificultades que encontró en las líneas de comunicación y la enorme diferencia de poderío económico y militar en favor de Brasil hicieron que la llamada "Guerra del Caucho" se redujera a unas pocas escaramuzas en las cuales vencieron los anexionistas brasileños.Nuevamente Bolivia se veía violentado por actos bélicos y no contaba con las fuerzas necesarias para hacerle frente.
Cabe destacar que aquí se da un combate de trincheras, en el Pando Bolivia había levantado todo un sistema de defensa de esta naturaleza para frenar un posible avance brasileño.
Las acciones militares no estaban decididas, pero era evidente que Brasil estaba dispuesta a una escalada militar que, por su clara superioridad en todos los órdenes, podía inclinar fácilmente la balanza en su favor. En La Paz las autoridades prefirieron la negociación diplomática. El 21 de marzo de 1903 se declaró un modus vivendi que era el preámbulo de la cesión. El 17 de noviembre de 1903 Fernando Guachalla y Claudio Pinilla firmaron por Bolivia el tratado de Petrópolis por el que cedían el territorio del Acre a cambio de una compensación pecuniaria de 2.000.000 de libras esterlinas, el compromiso de construcción de un ferrocarril en la zona de las cachuelas (rápidos de los ríos que impedían o dificultaban la navegación) y aspectos relativos al status y derechos de los habitantes de la región en cuestión. Así Bolivia perdió alrededor de 190.000 km2 de territorio.
Los combates y batallas fueron sangrientos, marcados por la superioridad de Brasil, y Bolivia sin posibilidades de continuar sosteniendo la guerra, se vio obligada a firmar el Tratado de Petrópolis el 17 de noviembre de 1904.
